研究テーマ
環境DNAを用いた水中生物相把握法に関する研究
淡水域における生物多様性の喪失は深刻な問題です。そのため淡水域における生物相のモニタリングは非常に重要ですが、 実際のモニタリングには多大な労力が必要になります。また、希少種などのモニタリングにあたってはできる限りその生態に影響を与えない手法が求められま す。そこで、淡水域における魚類や両生類の効率的なモニタリング手法として環境DNAを用いた生物相の把握法について研究を行っています。環境水中にはさ まざまなDNAが大量に含まれていて、このような環境DNA(eDNA)は一般に微生物の検出に用いられてきました。近年になって、侵略的外来種のウシガ エルなど、大きな生物の調査にも環境DNAが用いられるようになりつつあります。私たちは、魚類全般に共通する縮退プライマーを作り「水」をはかることで 生息する魚種を調べる技術や、特定の種のeDNA量からその種のバイオマスを推定する技術を開発しています。これらの技術を用いると、淡水域における生物 モニタリングが簡略化され、今までよりはるかに多くの生物情報を手に入れることができるようになります。
関連する主要な論文・著書
- Jo, T., Sakata, M. K., Murakami, H., Masuda, R., Minamoto, T. (2021) Universal performance of benzalkonium chloride for the preservation of environmental DNA in seawater samples. Limnology and Oceanography: Methods 19, 758-768. LINK
- Wu, Q.*, Sakata, M. K.*, Wu, D., Yamanaka, H., Minamoto, T. (2021) Application of environmental DNA metabarcoding in a lake with extensive algal blooms. Limnology 22, 363-370. LINK (*equal contribution)
- Jo, T., Ikeda, S., Fukuoka, A., Inagawa, T., Okitsu, J., Katano, I., Doi, H., Nakai, K., Ichiyanagi, H., Minamoto, T. (2021) Utility of environmental DNA analysis for effective monitoring of invasive fish species in reservoirs. Ecosphere 12, e03643. LINK
- Jo, T., Minamoto, T. (2021) Complex interactions between environmental DNA (eDNA) state and water chemistries on eDNA persistence suggested by meta-analyses. Molecular Ecology Resources 21, 1490-1503. LINK
- Yasashimoto, T., Sakata, M. K., Sakita, T., Nakajima, S., Ozaki, M., Minamoto, T. (2021) Environmental DNA detection of an invasive ant species (Linepithema humile) from soil samples. Scientific Reports 11, 10712. LINK プレスリリース
- Sakata, M. K., Watanabe, T., Maki, N., Ikeda, K., Kosuge, T., Okada, H., Yamanaka, H., Sado, T., Miya, M., Minamoto, T. (2021) Determining an effective sampling method for eDNA metabarcoding: a case study for fish biodiversity monitoring in a small, natural river. Limnology 22, 221-235. LINK プレスリリース
- Minamoto, T., Miya, M., Sado, T., Seino, S., Doi, H., Kondoh, M., Nakamura, K., Takahara, T., Yamamoto, S., Yamanaka, H., Araki, H., Iwasaki, W., Kasai, A., Masuda, R., Uchii, K. (2021) An illustrated manual for environmental DNA research: Water sampling guidelines and experimental protocols. Environmental DNA 3, 8-13. LINK
- Jo, T., Tomita, S., Kohmatsu, Y., Osathanunkul, M., Ushimaru, A., Minamoto, T. (2020) Seasonal monitoring of Hida salamander Hynobius kimurae using environmental DNA with a genus-specific primer set. Endangered Species Research 43, 341-352. LINK
- Sakata, M. K., Yamamoto, S., Gotoh, R. O., Miya, M., Yamanaka, H., Minamoto, T. (2020) Sedimentary eDNA provides different information on timescale and fish species composition compared with aqueous eDNA. Environmental DNA, 2, 505-518. LINK
- Takeshita, D., Terui, S., Ikeda, K., Mitsuzuka, T., Osathanunkul, M., Minamoto, T. (2020) Projection range of eDNA analysis in marshes: a suggestion from the Siberian salamander (Salamandrella keyserlingii) inhabiting the Kushiro marsh, Japan. PeerJ 8, e9764. LINK
- Hayami, K., Sakata, M. K., Inagawa, T., Okitsu, J., Katano, I., Doi, H., Nakai, K., Ichiyanagi, H., Gotoh, R. O., Miya, M., Sato, H., Yamanaka, H., Minamoto, T. (2020) Effects of sampling seasons and locations on fish environmental DNA metabarcoding in dam reservoirs. Ecology and Evolution 10 (12), 5354-5367. LINK
- Jo, T., Murakami, H., Masuda, R., Minamoto, T. (2020) Selective collection of long fragments of environmental DNA using larger pore size filter. Science of the Total Environment 735, 139462. LINK
- Jo, T., Arimoto, M., Murakami, H., Masuda, R., Minamoto, T. (2020) Estimating shedding and decay rates of environmental nuclear DNA with relation to water temperature and biomass. Environmental DNA 2 (2), 140-151. LINK
- Jo, T., Fukuoka, A., Uchida, K., Ushimaru A., Minamoto, T. (2020) Multiplex real-time PCR enables the simultaneous detection of environmental DNA from freshwater fishes: a case study of three exotic and three threatened native fishes in Japan. Biological Invasions 22 (2), 455-471. LINK
- Jo, T., Murakami, H.,Yamamoto, S., Masuda, R., Minamoto, T. (2019) Effect of water temperature and fish biomass on environmental DNA shedding, degradation, and size distribution. Ecology and Evolution 9, 1135-1146. LINK
- Jo, T., Arimoto, M., Murakami, H., Masuda, R., Minamoto, T. (2019) Particle size distribution of environmental DNA from the nuclei of marine fish. Environmental Science & Technology 53, 9947-9956. LINK
- Minamoto, T., Hayami, K., Sakata M. K., Imamura, A. (2019) Real-time PCR assays for environmental DNA detection of three salmonid fish in Hokkaido, Japan: application to winter surveys. Ecological Research 34, 237-242. LINK
- Wu, Q., Kawano, K., Uehara, Y., Okuda, N., Hongo, M., Tsuji, S., Yamanaka, H., Minamoto, T. (2018) Environmental DNA reveals non-migratory individuals of Palaemon paucidens overwintering in Lake Biwa shallow waters. Freshwater Science 37 (2), 307-314. LINK
- Sakata, M. K., Maki, N., Sugiyama, H., Minamoto, T. (2017) Identifying a breeding habitat of a critically endangered fish, Acheilognathus typus, in a natural river in Japan. The Science of Nature - Naturwissenschaften 104, 100. LINK
- Jo, T., Murakami, H., Masuda, R., Sakata, M. K., Yamamoto, S., Minamoto, T. (2017) Rapid degradation of longer DNA fragments enables the improved estimation of distribution and biomass using environmental DNA. Molecular Ecology Resources 17 (6), e25-e33. LINK
- Minamoto, T., Fukuda, M., Katsuhara, K.R., Fujiwara, A., Hidaka, S., Yamamoto, S., Takahashi, K., Masuda, R. (2017) Environmental DNA reflects spatial and temporal jellyfish distribution. PLOS ONE 12 (2), e0173073. LINK
- Hashizume, H., Sato, M.,Sato, M. O., Ikeda, S., Yoounan, T., Sanguankiat, S., Pongvongsa, T., Moji, K., Minamoto, T. (2017) Application of environmental DNA analysis for the detection of Opisthorchis viverrini DNA in water samples. Acta Tropica 169, 1-7. LINK
- Yamamoto, S., Masuda, R., Sato, Y., Sado, T., Araki, H., Kondoh, M., Minamoto, T., Miya, M. (2017) Environmental DNA metabarcoding reveals local fish communities in a species-rich coastal sea. Scientific Reports 7, 40368. LINK
- Yamanaka, H., Minamoto, T., Matsuura, J., Sakurai, S., Tsui, S., Motozawa, H., Hongo, M., Sogo, Y., Kakimi, N., Teramura, I., Sugita, M., Baba, M., Kondo, A. (2017) A simple method for preserving environmental DNA in water samples at ambient temperature by addition of cationic surfactant. Limnology 17 (2), 233-241. LINK
- Doi, H., Inui, R., Akamatsu, Y., Kanno, K., Yamanaka, H., Takahara, T., Minamoto, T. (2017) Environmental DNA analysis for estimating the abundance and biomass of stream fish. Freshwater Biology 62 (1), 30-39. LINK
- 福岡有紗・高原輝彦・松本宗弘・兵庫県立農業高校生物部・丑丸敦史・源利文 (2016) 在来希少種カワバタモロコの環境DNAによる検出系の確立. 日本生態学会誌 66 (3), 613-620.
- Minamoto, T., Uchii, K., Takahara, T., Kitayoshi, T., Tsuji, S., Yamanaka, H., Doi, H. (2017) Nuclear internal transcribed spacer-1 as a sensitive genetic marker for environmental DNA studies in common carp Cyprinus carpio. Molecular Ecology Resources 17 (2), 324-333. LINK
- Fujiwara, A., Matsuhashi, S., Doi, H., Yamamoto, S., Minamoto, T. (2016) Use of environmental DNA to survey the distribution of an invasive submerged plant in ponds. Freshwater Science 35 (2), 748-754. LINK
- Yamamoto, S., Minami, K., Fukaya, K., Takahashi, K., Sawada, H., Murakami, H., Tsuji, S., Hashizume, H., Kubonaga, S., Horiuchi, T., Hongo, M., Nishida, J., Okugawa, Y., Fujiwara, A., Fukuda, M., Hidaka, S., Suzuki, K. W., Miya, M., Araki, H., Yamanaka, H., Maruyama, A., Miyashita, K., Masuda, R., Minamoto, T., and Kondoh, M. (2016) Environmental DNA as a 'snapshot' of fish distribution: a case study of Japanese jack mackerel in Maizuru Bay, Sea of Japan. PLOS ONE 11(3), e1249786. LINK
- 源利文・山本哲史・笠井亮秀・近藤倫生 (2016) 環境DNAを用いた沿岸域における魚類モニタリング. 沿岸海洋研究. 53巻2号. pp. 173-178.
- Yamanaka, H., Minamoto, T. (2016) The use of environmental DNA of fishes as an efficient method of determining habitat connectivity. Ecological Indicators 62, 147-153. LINK
- Minamoto, T., Naka, T., Moji, K.,Maruyama, A. (2016) Techniques for the practical collection of environmental DNA: filter selection, preservation, and extraction. Limnology 17 (1), 23-32. LINK
- Miya, M., Sato, Y. Fukunaga, T., Sado, T., Poulsen, J.Y., Sato., K., Minamoto, T., Yamamoto, S., Yamanaka, H., Araki, H., Kondoh, M., Iwasaki, W. (2015) MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: Detection of more than 230 subtropical marine species. Royal Society Open Science 2, 150088. LINK
- Fukumoto S., Ushimaru A., Minamoto T. (2015) A basin-scale application of environmental DNA assessment for rare endemic species and closely related exotic species in rivers: A case study of giant salamanders in Japan. Journal of Applied Ecology 52 (2) 358-365. LINK
- Takahara T., Minamoto T., Doi H. (2013) Using environmental DNA to estimate the distribution of an invasive fish species in ponds. PLOS ONE. 8(2): e56584. LINK
- Takahara T., Minamoto T., Yamanaka H., Doi H., Kawabata Z. (2012) Estimation of fish biomass using environmental DNA. PLOS ONE, 7 (4), e35868. LINK
- Minamoto T.*, Yamanaka H.*, Takahara T., Honjo M. N., Kawabata Z. (2012) Surveillance of fish species composition using environmental DNA. Limnology 13(2), 193-197. (*equal contribution) LINK
病原生物と人間の相互作用環
私たちは、「人間が引き起こす環境改変が感染症の拡大を招く」という仮説に基づいて、「人間による環境改変-感染症の発生・拡大-人間生活の変化」の相互作用環を解明することを目的として研究を行ってきました。私は主にコイヘルペスウイルス病をターゲットとして病気と人間活動の相互作用環について研究しています。コイヘルペスウイルスは1990年代後半に現れた新たな感染症で、主にマゴイとニシキゴイが感染する病気です。2003年に日本国内への侵入が確認され、2005年までに全都道府県で本病のアウトブレイクが公式に確認されました。本病について、診断法やワクチンによる防除法などが積極的に研究されていますが、病原体であるコイヘルペスウイルスの環境中における動態についてはほとんど明らかになっていません。そこで、感染拡大のプロセスを解明するため、またアウトブレイクの起きる環境と起きない環境の違いを明らかにするため、淡水域における環境改変、水中でのウイルス動態、ウイルスの宿主生物への感染戦略などに関する研究を行っています。これまでに、淡水域におけるコイヘルペスウイルスの定量法を開発したほか、一旦侵入したウイルスはアウトブレイクから数年経ても水域に残存すること、日本のほとんどの河川からウイルスが検出されること、繁殖場であるヨシ帯などの比較的浅い水辺がウイルス伝播のホットスポットであること、環境改変による湖岸の垂直化が水温環境を均一化させること、日内の水温変化に対してコイがストレス応答すること等を明らかにしました。
関連する論文・著書
- Sato, Y., Mizuyama, M., Sato, M., Minamoto, T., Kimura, R., Toma, C. (2019) Environmental DNA metabarcoding to detect pathogenic Leptospira and associated organisms in leptospirosis-endemic areas of Japan. Scienctific Reports 9, 6575. LINK
- Sato, M. O., Rafalimanantsoa, A., Ramarokoto, C., Rahetilahy, A. M., Ravoniarimbinina, P., Kawai, S., Minamoto, T., Sato, M., Kirinoki, M., Rasolofo, V., De Calan M., Chigusa, Y. (2018) Usefulness of environmental DNA for detection of Schistosoma mansoni in Madagascar. International Journal of Infectious Diseases 76, 130-136. LINK
- 源利文 (2017) 環境DNAを用いた感染症研究への期待. ウイルス 66, 171-178.
- Hashizume, H., Sato, M.,Sato, M. O., Ikeda, S., Yoounan, T., Sanguankiat, S., Pongvongsa, T., Moji, K., Minamoto, T. (2017) Application of environmental DNA analysis for the detection of Opisthorchis viverrini DNA in water samples. Acta Tropica 169, 1-7. LINK
- 源利文 (2016) 感染症の発症メカニズム. 日本生態学会編 感染症の生態学. 共立出版, 東京都文京区, pp 39-51. LINK
- Minamoto T., Pu X., Xie J., Dong Y., Wu D., Kong H., Yang X., Takahara T., Honjo M. N., Yamanaka H., Kawabata Z. 2015) Monitoring of fish pathogenic viruses in natural lakes in Yunnan, China. Limnology 16(1), 69-77. LINK
- 源利文(2014)環境DNA:エコヘルス研究の新しいツール. 医学のあゆみ. 249巻, 12号. pp 1264-1269. LINK
- Takahara T., Honjo M. N. Uchii K., Minamoto T., Doi H., Ito T., Kawabata Z. (2014) Effects of daily temperature fluctuation on the survival of carp infected with Cyprinid herpesvirus 3. Aquaculture 433, 208-213. LINK
- 源利文・川端善一郎 (2014) 湖の環境改変と感染症. 川端善一郎、孔海南、呉得意、福士由紀、窪田順平編 湖の現状と未来可能性(RIHN-China Study Series No.3). 松香堂書店, 京都市左京区, pp.75-86. (日中英3カ国語出版:担当箇所は日英2カ国語で記述).
- 谢强・吴德意・源利文・山中裕树・本庄三惠・川端善一郎 (2014) 水生植物湖滨带改善现场实证性研究. 川端善一郎、孔海南、呉德意、福士由紀、窪田順平編 湖の現状と未来可能性(RIHN-China Study Series No.3). 松香堂書店, 京都市左京区, pp.139-151. (日中英3カ国語出版:担当箇所は中英2カ国語で記述)
- Takahara T., Minamoto T., Doi H., Ito T., Kawabata Z. (2014) Differences between domesticated Eurasian and Japanese indigenous strains of the common carp (Cyprinus carpio) in cortisol release following acute stressor. Ichthyological Research 61 (2) 165-168. LINK
- Uchii K., Minamoto T., Honjo M.N., Kawabata Z. (2014) Seasonal reactivation enables Cyprinid herpesvirus 3 to persist in a wild host population. FEMS Microbiol. Ecol. 87 (2) 536-542. LINK
- Uchii K., Okuda N., Minamoto T., Kawabata Z. (2013) An emerging infectious pathogen endangers an ancient lineage of common carp by acting synergistically with conspecific exotic strains. Animal Conservation 16(3), 324-330. LINK
- 谢杰・吴德意・陈雪初・孔海南・普孝英・杨晓霞・源利文・山中裕树・本庄三惠・川端善一郎・李梅新 (2013) 滇池和洱海湖滨带水生植被状况与水质的关系研究. 环境科学与技术 36 (2) 61-65. LINK
- Yamanaka H., Minamoto T., Wu D., Kong H., Wei Z.-H., Liu B., Kawabata Z. (2012) Spatial-temporal analysis of water temperatures during spring in Lake Erhai, China: implications for fisheries. Inland Waters 2(3), 129-136. LINK
- Honjo M. N., Minamoto T., Kawabata Z. (2012) Reservoirs of Cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3) DNA in sediments of natural lakes and ponds. Vet. Microbiol. 155 (2-4), 183-190. LINK
- Minamoto T., Honjo M. N., Yamanaka H., Uchii K., Kawabata Z. (2012) Nationwide Cyprinid herpesvirus 3 contamination in natural rivers of Japan. Res. Vet. Sci. 93 (1) 508-514. LINK
- Kawabata Z., Minamoto T., Honjo M. N., Uchii K., Yamanaka H., Suzuki A. A., Kohmatsu Y., Asano K., Itayama T., Ichijo T., Omori K., Okuda N., Kakehashi M., Nasu M., Matsui K., Matsuoka M., Kong H., Takahara T., Wu D., Yonekura R. (2011) Environment-KHV-carp-human linkage as a model for environmental diseases. Ecol. Res. 26 (6), 1011-1016. LINK
- Takahara T., Yamanaka H., Suzuki A. A., Honjo M. N., Minamoto T., Yonekura R., Itayama T., Kohmatsu Y., Ito T., Kawabata Z. (2011) Stress response to daily temperature fluctuation in common carp Cyprinus carpio L. Hydrobiologia. 675 (1), 65-73. LINK
- Minamoto T., Honjo M. N., Yamanaka H., Tanaka N., Itayama T., Kawabata Z. (2011) Detection of cyprinid herpesvirus-3 DNA in lake plankton. Res. Vet. Sci. 90 (3), 530-532. LINK
- Uchii K., Telschow A., Minamoto T., Yamanaka H., Honjo M. N., Matsui K., Kawabata Z. (2011) Transmission dynamics of an emerging infectious disease in wildlife through host reproductive cycles. ISME J., 5, 244-251 LINK
- Yamanaka H., Kohmatsu Y., Minamoto T., Kawabata Z. (2010) Spatial variation and temporal stability of littoral water temperature relative to lakeshore morphometry: environmental analysis from the view of fish thermal ecology. Limnology. 11(1), 71-76 LINK
- Honjo M. N., Minamoto T., Matsui K., Uchii K., Yamanaka H., Suzuki A. A., Kohmatsu Y., Iida T., Kawabata Z. (2010) Quantification of Cyprinid herpesvirus-3 in environmental water by using an external standard virus. Appl. Environ. Microbiol., 76 (1), 161-168. LINK
- Minamoto T., Honjo M. N., Kawabata. Z. (2009) Seasonal distribution of cyprinid herpesvirus 3 in Lake Biwa, Japan. Appl. Environ. Microbiol., 75 (21), 6900-6904. LINK
- Minamoto T., Honjo M. N., Uchii K., Yamanaka H., Suzuki A. A., Kohmatsu Y., Iida T., Kawabata Z. (2009) Detection of cyprinid herpesvirus 3 DNA in river water during and after an outbreak. Vet. Microbiol., 135 (3-4), 261-266. LINK
カタユウレイボヤの体内時計に関する研究
尾索動物のカタユウレイボヤ(Ciona intestinalis)は脊椎動物に非常に近いモデ ル生物として研究が進んでおり、そのゲノムもすでに解読されています。ところが、そのゲノム中からはヒトをはじめとする脊椎動物やショウジョウバエなどの 昆虫までが共通して使用する重要な時計遺伝子が発見されません。また、ホヤが概日時計を持つかどうかも明らかにはなっていませんでした。私たちはホヤの時 計機構を探る端緒として、マイクロアレイを用いてmRNAが概日変動する遺伝子を探しました。その結果、多くの遺伝子が概日振動をすることが見いだされ、 カタユウレイボヤが概日時計を持つこと、概日時計の機構がユニークなものであることなどがわかりました。
関連する論文・著書- Matsumae, H., Ishiwata, R., Minamoto, T., Ishida, N., Ogishima, S., Tanaka, H. (2015) Detection of periodic patterns in microarray data reveals novel oscillating transcripts of biological rhythms in Ciona intestinalis. Artificial Life and Robotics 20 (4), 347-352. LINK
- Minamoto T., Hanai S., Kadota K., Oishi K., Matsumae H., Fujie M., Azumi K., Satoh N., Satake, M., Ishida N. (2010) Circadian clock in Ciona intestinalis revealed by microarray analysis and oxygen consumption. J. Biochem. 147 (2), 175-184. LINK
- 石田直理雄・源利文(2006) 「DNAチップを用いた生物時計機能解析-ショウジョウバエの交尾行動リズムとホヤの体内時計」(久原哲編:DNAチップ活用テクノロジーと応用)シーエ ムシー出版(東京)LINK
重水を用いた”誤りがちな”PCR法に関する研究
"誤りがちな"PCR(error-prone PCR; epPCR)法は遺伝子にランダムに変異を導入するランダムミューテーション法の変異導入法として、タンパク質工学などの分野で用いられています。私たち は、PCR反応の溶媒として水の代わりに重水(D2OやH218O)を持ちいること で、簡単に変異導入ができる事を見いだしました。なぜ重水を用いると変異導入されるのか、そのメカニズムは現時点では不明ですが、ランダムミューテーショ ン法の新たな技術として今後発展することが期待されます。
関連する論文・著書
- Minamoto, T. (2016)
Random Mutagenesis by Error-Prone Polymerase Chain Reaction Using a
Heavy Water Solvent in "Methods in Molecular Biology Volume 1498 In
Vitro Mutagenesis" (Ed. Andrew Reeves), Springer New York, pp.
491-495. LINK
- Minamoto T., Wada E., Shimizu I. (2012) A new method for random mutagenesis by error-prone polymerase chain reaction using heavy water. J. Biotech. 157 (1), 71-74. LINK
ニホンミツバチの感覚生理に関する研究
ミツバチは社会性昆虫であり、ワーカーの女王への奉仕、8の字ダンス、分蜂など、その行動は非常に興味深いものです。 私たちは日本の固有種であるニホンミツバチ(Apis cerana japonica)の視覚や体内時計に関する研究を行って来まし た。これらの研究の結果、ニホンミツバチがキンリョウヘン(シンビジウムの仲間)に訪花する際には視覚が重要な役割を果たすと考えられること、ニホンミツ バチを含む膜翅目昆虫の時計遺伝子periodにはスプライスバリアントがあり、時刻によって、また、器官ごとに発現パターンが違うこ となどを明らかにしました。
関連する論文・著書
- Minamoto T., Fuchikawa, T., Shimizu I. (2012) Expression of spliced variants of period mRNA in the Japanese honeybee Apis cerana japonica. Biol. Rhythm Res. 43 (2), 125-135. LINK
- Sugahara M., Minamoto T., Fuchikawa T., Michinomae M., Shimizu I. (2010) Apis cerana japonica discriminates between floral color phases of the oriental orchid, Cymbidium floribundum. Zool. Sci., 27 (12), 901-906. LINK
- 菅原道夫・清水良訓・源利文・清水勇(2006) 大阪府下のミツバチ生息状態. ミツバチ科学 27, 19-22. LINK
- 菅原道夫・源利文・清水勇・東克 (2003) キンリョウヘンCymbidium floribundum唇弁の着色がニホンミツバチApis cerana japonicaの訪花行動にあたえる影響. ミツバチ科学 24, 115-118. LINK
魚類の視物質遺伝子に関する研究
魚類はあらゆる水域に生息し、それを取り巻く光環境はバリエーションに飛んでいます。魚類はこのような環境に適応して 優れた視覚を進化させてきました。魚類を含む脊椎動物は一般に複数種類の錐体細胞にそれぞれ異なる視物質を発現させることで色覚を獲得しています。私たち は海と川を往き来する両側回遊魚であるアユ(Plecoglossus altivelis)を材料に網膜内および網膜外で発現する視 物質について研究をおこないました。アユからロドプシン、錐体オプシン、網膜外で発現するVAオプシンなど8種類の視物質遺伝子のmRNA単離に成功し、 それぞれの発現部位を特定しました。その結果、アユでは2種類の緑色感受性視物質が同時に異なる細胞で発現していることなどが明らかになりました。これら の結果はアユを含む魚類の光環境適応機構をあきらかにすための基礎的な知見となります。
関連する論文・著書- 源利文・清水勇(2005) 魚類の視覚適応の分子的基盤. 魚類学雑誌. 52, 91-106. LINK
- Minamoto T. and Shimizu I. (2005) Molecular cloning of cone opsin genes and their expression in the retina of a smelt, Ayu (Plecoglossus altivelis, Teleostei). Comp. Bioch. Physiol., (part B), 140 (2), 197-205. LINK
- Minamoto T. and Shimizu I. (2003) Molecular cloning and characterization of rhodopsin in a teleost (Plecoglossus altivelis, Osmeridae) Comp. Bioch. Physiol., (part B), 134 (2), 559-570. LINK
- Minamoto T. and Shimizu I. (2002) A novel isoform of vertebrate ancient opsin in a smelt fish, Plecoglossus altivelis. Biochem. Biophys. Res. Commun. 290 (1), 280-286. LINK
- 源利文・清水勇(2007) 「魚類の多様性とオプシン遺伝子」(京都大学総合博物館・京都大学生態学研究センター編:生物の多様性ってなんだろう-生命のジグソーパズル)pp140 -164. 京都大学学術出版会. LINK
- 清水勇・源利文 (2003)「見える世界が魚を変える-魚類の多様性と視覚適応」 (大串隆之編:生物多様性のすすめ-生態学からのアプローチ) pp. 90-109 丸善株式会社 (東京). LINK
- Minamoto T. and Shimizu I. (2002) Studies of opsin genes in a smelt fish, Ayu (Plecoglossus altivelis). J. Photosci. 92, 269-271.