メンバー紹介

特命助教島谷 善平 Zempei Shimatani

経歴

1998/03
茨城大学 農学部 生物生産学科 卒業
2000/03
茨城大学大学院 農学研究科 資源生物科学専攻 修了
2001/04
農林水産先端技術産業振興センター 農林水産先端技術研究所 研究員
2006/04
日本学術振興会 特別研究員(DC2)
2008/03
総合研究大学院大学 生命科学研究科 基礎生物学専攻 博士後期課程 単位満了退学
2009/09
博士号(学術)取得
2009/12
大学共同利用機関法人 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 研究員
2010/04
名城大学 農学部 生物資源学科 研究員
2011/04
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 研究員
2015/04
神戸大学 大学院 工学研究科応用化学専攻 特命助教
2015/04
神戸大学大学院 科学技術イノベーション研究科 特命助教
2016/09
積水化学工業株式会社 R&Dセンター 開発推進センター 研究職(上級)
2018/01
神戸大学大学院 科学技術イノベーション研究科 特命助教

発表論文

  1. Shimatani, Z., Kashojiya, S., Takayama, M., Terada, R., Arazoe, T., Ishii, H., Teramura, H., Yamamoto, T., Komatsu, H., Miura, K., Ezura, H., Nishida, K., Ariizumi, T., Kondo, A. (2017) Targeted base editing in rice and tomato using a CRISPR-Cas9 cytidine deaminase fusion, Nature Biotechnology, 35, 441-443
  2. Nishida, K., Arazoe, T., Yachie, N., Banno, S., Kakimoto, M., Tabata, M., Mochizuki, M., Miyabe, A., Araki, M., Hara, KY., Shimatani, Z., Kondo, A. (2016) Targeted nucleotide editing using hybrid prokaryotic and vertebrate adaptive immune systems, Science, 353 (6305)
  3. Tamaki, S., Tsuji, H., Matsumoto, A., Fujita, A., Shimatani, Z., Terada, R., Sakamoto, T., Kurata, T., Shimamoto, K. (2015) FT-like proteins induce transposon silencing in the shoot apex during floral induction in rice., Proc Natl Acad Sci USA., 112: E901-910.
  4. Shimatani, Z., Nishizawa-Yokoi, A., Endo, M., Toki, S., Terada, R. (2014) Positive-negative-selection-mediated gene targeting in rice., Front Plant Sci., 5: 748
  5. Dang, T.T., Shimatani, Z., Kawano, Y., Terada, R., Shimamoto, K. (2013) Gene editing a constitutively active OsRac1 by homologous recombination-based gene targeting induces immune responses in rice. Plant and Cell Physiology., 54: 2058-2070
  6. Moritoh, S., Eun, C.H., Ono, A., Asao, H., Okano, Y., Yamaguchi, K., Shimatani, Z., Koizumi, A., Terada, R. (2012) Targeted disruption of an orthologue of DOMAINS REARRANGED METHYLASE 2, OsDRM2, impairs the growth of rice plants by abnormal DNA methylation., The Plant J., 71: 85-98
  7. Tanaka, A., Nakagawa, H., Tomita, C., Shimatani, Z., Ohtake, M., Nomura, T., Jiang, C.J., Dubouzet, J.G., Kikuchi, S., Sekimoto, H., Yokota, T., Asami, T., Kamakura, T., Mori, M. (2009) BRASSINOSTEROID UPREGULATED1, encoding a helix-loop-helix protein, is a novel gene involved in brassinosteroid signaling and controls bending of the lamina joint in rice., Plant physiol., 151: 669-680
  8. Shimatani, Z., Takagi, K., Eun, C.H., Maekawa, M., Takahara, H., Hoshino, A., Qian, Q., Terada, R., Johzuka-Hisatomi, Y., Iida, S., Tsugane, K. (2009) Characterization of autonomous Dart1 transposons belonging to the hAT superfamily of rice., Mol Genet Genomics., 281: 329-344
  9. Taguchi-Shiobara, F., Yazaki, J., Ishikawa, M., Fujii, F., Shimbo, K., Shimatani, Z., Nagata, Y., Hashimoto, A., Ohta, T., Sato, Y., Honda, S., Yamamoto, K., Sakata, K., Sasak,i T., Kishimoto, N., Kikuchi, S. (2006) A microarray analysis of rice near-isogenic lines that cover QTLs associated with callus proliferation., Jan Agri Res Quart., 40: 243-249
  10. Wasaki, J., Shinano, T., Onishi, K., Yonetani, R., Yazaki, J., Fujii, F., Shimbo, K., Ishikawa, M., Shimatani, Z., Nagata, Y., Hashimoto, A., Ohta, T., Sato, Y., Miyamoto, C., Honda, S., Kojima, K., Sasaki, T., Kishimoto, N., Kikuchi, S., Osaki, M. (2006) Transcriptomic analysis indicates putative metabolic changes caused by manipulation of phosphorus availability in rice leaves., J Exp Bot., 57: 2049-2059
  11. Ohkama-Ohtsu, N., Kishimoto, N., Yazaki, J., Fujii, F., Shinbo, K,. Shimatani, Z., Nagata, Y., Hashimoto, A., Ohta, T., Sato, Y., Honda, S., Yamamoto, K., Sakata, K., Sasaki, T., Kikuchi, S., Hayashi, H., Yoneyama, T., Fujiwara, T. (2004) Upregulation of the genes for ferritin, RNase, and DnaJ in leaves of rice plants in response to sulfur deficiency.,  Soil Sci Plant Nutri., 50: 771-775
  12. Doi K, Izawa T, Fuse T, Yamanouchi U, Kubo T,Shimatani, Z., Yano M, Yoshimura A. Ehd1, a B-type response regulator in rice, confers short-day promotion of flowering and controls FT-like gene expression independently of Hd1. (2004) Genes Dev. 18: 926-936
  13. Yazaki, J., Shimatani, Z., Hashimoto, A., Nagata, Y., Fujii, F., Kojima, K., Suzuki, K., Taya, T., Tonouchi, M., Nelson, C., Nakagawa, A., Otomo, Y., Murakami, K., Matsubara, K., Kawai, J., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Kikuchi, S. (2004) Transcriptional profiling of genes responsive to abscisic acid and gibberellin in rice: phenotyping and comparative analysis between rice and Arabidopsis., Physiol Genomics., 17: 87-100
  14. Yang, G.X., Jan, A., Shen, S.H., Yazaki, J., Ishikawa, M., Shimatani, Z., Kishimoto, N., Kikuchi, S., Matsumoto, H., Komatsu, S. (2004) Microarray analysis of brassinosteroids- and gibberellin-regulated gene expression in rice seedlings., Mol Genet Genomics., 271: 468-478
  15. Yazaki, J., Kishimoto, N., Nagata, Y., Ishikawa, M., Fujii, F., Hashimoto, A., Shimbo, K., Shimatani, Z., Kojima, K., Suzuki, K., Yamamoto, M., Honda, S., Endo, A., Yoshida, Y., Sato, Y., Takeuchi, K., Toyoshima, K., Miyamoto, C., Wu, J., Sasaki, T., Sakata, K., Yamamoto, K., Iba, K., Oda, T., Otomo, Y., Murakami, K., Matsubara, K., Kawai, J., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Kikuchi, S.(2003) Genomics approach to abscisic acid- and gibberellin-responsive genes in rice., DNA Res., 10: 249-261
  16. Kishimoto, N., Yazaki, J., Fujii, F., Shimbo, K., Ohta, T., Shimatani, Z., Nagata, Y., Hashimoto, A., Kikuchi, S. (2002) Rice cDNA microarray: a powerful tool for transcriptome analysis in rice functional genomics., Recent Res. Devel. Plant Biol., 2: 49-59

総説・解説等

  1. 島谷 善平, 寺田 理枝, 横井 彩子, 刑部 敬史, 土岐 精一.「形質転換プロトコール【植物編】 」(2012)  化学同人 第8章 標的遺伝子の特異的改変技術「イネのジーンターゲティング」p.365-371
  2. Johzuka-Hisatomi Y, Maekawa M, Takagi K, Eun CH, Yamauchi T, Shimatani Z, Ahmed N, Urawa H, Tsugane K, Terada R, Iida S. Homologous Recombination-dependent Gene Targeting and an Active DNA Transposon nDart -promoted Gene Tagging for Rice Functional Genomics. (2008) Rice Biology in the Genomics Era. 84-94
  3. 飯田 滋, 前川 雅彦, 栂根 一夫, 高木 恭子, Chang-Ho Eun, 島谷 善平, Nisar Ahmed.  イネのDNAトランスポゾンnDartの転移能と遺伝子タギング (2007) 生物の科学 遺伝 別冊 21: 87-91